Футбольный клуб из города Лион был образован в  1899 году. Известно, что команда вышла на национальный уровень в 1950 году. В 1910 футбольный клуб выиграл кубок Франции, что принесло команде удачу. К 1920 году Лион решил переехать на новый стадион Жерланд. Стадион строился семь лет, а проектировал его Тони Гарниер. В 1954 году Жульен Даруи обновил и переформировал состав команды.

Настало время побед. В 60-е и 70-е года Лион одерживал победу за победой. Удача шла клубу на встречу. В этот период команда выиграла три кубка Франции и трофей Чемпионов. Нужно отметить, что за период побед место главного тренера сменялось пять раз. Период побед и удач закончился. Начался период застоя. К 1983 году команда играла на низшем уровне, она потеряла все свои трофеи. Нужен был выход, и он нашелся. Через четыре года, в 1987 команду взял в свои руки Жан-Мишель Олас. Дени Папа и Марселя ле Борн вывели клуб на высший уровень, но в конце сезона они покинули команду. Возглавлять ФК Лион назначили Раймонда Доминика, который привел команду в первую лигу. Благодаря ему клуб удостоился титула Чемпионов второй лиги в третий раз.

С новым наставником Лион закончил сезон на восьмой позиции. Во втором сезоне Доминика вывел команду на пятое место. Команда имела право уже принять участите в Кубке UEFA. И все-таки европейской квалификации команда достигла через два года.  Доминика решил уйти из команды, так как ему предложили место тренера French U21. Новым руководителем стал Жан Тиган. Тигана расширил команду и выставил новых игроков. Одни из таких был Абеди Пеле. Но руководителю пришлось уйти в 1995.

Новым руководителем стал Стефан. Этот человек обеспечил команде место на европейской арене через участие кубке Интертото. Стефан руководил командой один сезон. В начале второго сезона он ушел из команды. На его пост стал Бернард Лякомб. Лион получил место в Кубке UEFA, но вылетел в третьем раунде, потому что проиграл "Интер Милану".

Далее клуб набирал популярность в лиге. В 1998 он занял шестое место в чемпионате, а также третье в 1999 - 2000 годах. В 2001 году "Лион" был на втором месте. Затем с 2002 по 2007 год клуб становился чемпионом. Он вошел в футбольную историю Франции, выиграл шесть чемпионатов подряд. Но на Европейской арене клуб не поднимался выше четвертьфинала в Лиге чемпионов.

На данный момент Лион – это самый богатый футбольный клуб во Франции, его бюджет по данным на 2009 год составлял 139,6 млн. евро.